Tous se passe au mieux pour les seigneurs de Merle. Pendant la guerre de 100 ans, les anglais prirent la forteresse, pour la rendre très rapidement avec l’intervention du pape Grégoire XI. Mais plus tard les guerres de religions font des ravages. En 1574, les réformés s’emparent de Merle, ils brulent, pillent les édifices. Des troupes de soldats occupent la forteresse. C’est Antoine de Veilhan, qui délivre les Tours de Merle des huguenots. Après cette épisode, les tours sont en grande partie détruites. Le lieu sert de refuge pendant que la guerre désole toujours les environs.
Les seigneurs disposent de résidences ailleurs, et quittent Merle. Au XVII ème les villageois ne peuvent plus compter sur les seigneurs, ils partent petit à petit. Sous le règne de Louis XIII, le duc de Noailles souhaite remettre la chasse au vol au gout du jour. Il installe une garnison de fauconnier aux Tours de Merle. Mais ils ne resteront que peu de temps. Le castrum de Merle tombe dans l’oubli.
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