Lors des guerres de religion, la ville est sous domination protestante. C’est une des huit places de suretés des réformés. En 1622, la ville est assiégée et prise par Louis XIII et Richelieu. Aigues Mortes rentre dans les possessions du roi de France. En 1686, des protestants sont même enfermés dans la tour de Constance. Au XIXe siècle, le passé commercial de la ville est loin, mais elle va connaître un nouvel essor avec l’exploitation viticole et les marais salants.